O quê devo instalar na minha estação de trabalho?
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Tutorial para instalação dos pacotes necessários
Neste ponto do curso você já deve saber como abrir o terminal da sua máquina virtual/laptop. Não assumirei que vocês sabem como usá-lo, mas adianto que em tempos de automação de trabalho, todos deveriam saber alguma coisa.
1 - Instalar o Miniconda
Acesse o site https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html e faça o download da versão compatível com sua máquina virtual.
Como Ubuntu é uma distribuição Linux, desça a barra de rolagem e escolha na coluna Python 3.7 o link Miniconda3 Linux 64-bit. Um script Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh será salvo na pasta Downloads.
No terminal, digite:
cd ~/
mkdir local
mv ~/Downloads/Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh ~/local
cd local
bash Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh
Esses comandos te levarão ao seu diretório principal (cd ~/) onde você criará uma pasta chamada local para onde você moverá o script salvo em ~/Downloads. O comando bash Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh instalará o Miniconda. Aceite todas as condições que aparecerem na tela.
Atenção: Toda vez que quiser usar os pacotes instalados pelo conda você deverá garantir que um ambiente conda está sendo usado. Para isso, digite:
which python
se o terminal retornar algo como /usr/bin/python sem referenciar conda ou miniconda, você deve executar o seguinte comando:
conda activate
2 - Instalar os pacotes usando o Miniconda.
conda é um administrador de pacotes em Python. Cada pacote contém livrarias de códigos que você pode reusar à vontade. Não é necessário reinventar a roda! Para instalar os pacotes principais faça, na seguinte ordem:
conda install numpy
conda install scipy
conda install matplotlib
conda install rdkit
conda install -c conda-forge ambertools
conda install -c omnia openmm
conda install -c omnia mdtraj
Aceite todas as condições que aparecerem na tela em cada uma dessas instalações.
3 - Instalar pacotes não-incluídos no Miniconda
Acesse o site https://github.com/m3g/packmol/releases e faça o download da versão mais recente do programa packmol no arquivo tar.gz.
Para acessar o conteúdo e compilar o programa na sua máquina virtual, copie packmol.tar.gz de ~/Downloads para ~/local e decompresse o arquivo com o seguinte comando:
tar -xvf packmol.tar.gz
Esse comando criará uma pasta chamada packmol dentro de ~/local. Digite:
cd packmol
make
Esse comando deve instalar packmol sem problemas na sua máquina virtual. Tendo dificuldades, confira como pode resolver o problem neste link
Digite no terminal
cd ~/local
git clone https://github.com/ParmEd/ParmEd
Essa sequência de comandos criará uma pasta chamada ParmEd em local. Para entrar e instalar o programa temos que:
cd ParmEd
python setup.py install
Pronto! Agora você tem tudo disponível para começar a estudar a parte prática da dinâmica molecular!